Amazonas: Se forma en Nauta por la confluencia del Marañon y Ucayali. Tiene 714 km (Nauta – Ramón Castilla).

Ucayali: Es el más largo del Perú (3000 km). Se forma cerca al puerto de Atalaya por la confluencia de Urubamba y Tambo. Forma el pongo de Orellana.

Marañón: Es el más interdepartamental del Perú (6). Forma la mayor cantidad de Pongos (8). Destacan dos. Río de mayor potencial hidroeléctrico del Perú. Los pongos de Rentema y Manseriche son los más importantes.

Huallaga: Nace cerca al nudo de Pasco en Huanuco. Su afluente es el río Mayo. Forma el Pongo de Aguirre. Es el principal afluente del Marañón.

Tambo: Se forma por la confluencia del río Ene y Perené. Forma el Pongo de Tambo.

Urubamba: Nace en el nudo Vilcanota, se denomina Vilcanota hasta el Pongo de Mainique. Forma el Valle Sagrado de los Incas. Junto con el río Tambo forman el Ucayali.

Ene: Se forma al confluir los ríos Mantaro y Apurímac.

Apurímac: Es considerado el curso más remoto del Amazonas. Nace en Arequipa donde se llama Orcuyo y luego Monigote. Sus afluentes : Santo Tomás, Oropesa, Pachachaca, Pampas. Forman el pongo de Apurímac.

Mantaro: Nace en la laguna de Acococha (Pasco). Forma el Valle del Mantaro. Forma el Pongo del Mantaro. Es el río de mayor producción hidroeléctrica, ya que sus aguas son utilizadas en la central hidroeléctrica del Perú.